南明宗室在清军入关后命运悲惨。清廷对南明皇室采取了残酷的镇压政策，大量宗室被杀害或囚禁。以下是南明宗室结局的详细阐述：
宗室遇害
清军占领南京后，对南明皇室进行了大肆屠杀。顺治二年（1645年），清廷颁布《逆臣籍没条令》，将南明宗室列为“逆臣”，没收其家产，并处以极刑。史载，朱由崧及其长子朱慈烺在福州被清军俘虏后，于顺治三年（1646年）被处死。还有众多宗室被杀害，包括朱由检的弟弟朱由恭、朱由崧的堂弟朱由榔等。
宗室囚禁
除了遇害之外，还有大量南明宗室被清廷囚禁。其中最著名的当属永历帝朱由榔。永历帝在逃亡途中被吴三桂俘虏，后被押往北京，囚禁于幽禁在西华门外“恩济仓”，历经康熙、雍正两朝，直到乾隆元年（1736年）病逝，享年82岁。还有很多宗室被囚禁在各地监狱或王府中，过着暗无天日的生活。
改姓流亡
為了躲避清廷的迫害，一些南明宗室改姓流亡民間。其中最著名的例子是朱由榔的儿子朱慈煊。朱慈煊在永历帝被俘后改名朱成功，流亡到广东，后参加抗清斗争，成为著名的抗清将领。还有很多宗室改姓流亡海外，如朱亨嘉改姓洪，流亡到日本。
南明宗室的结局悲惨不堪。清廷对南明皇室采取了残酷的镇压政策，大量宗室被杀害、囚禁或流亡，结束了明朝近三百年的统治。
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